一番単純な発想ですが、コンタクトによっては左右の識別のための
アルファベット記号が記入されているらしいです。
目は黒目の部分全てでものを見ているわけではなく、中央の黒い
部分である瞳孔から光を取り入れています。だから端のほうに
記号を入れていたら気にならない…のかもしれません。
他に考えられるのは、
1. 透明な蛍光塗料で印をつける（欠点は暗いところで目が光ってみえる）
2. 薄い匂いや味をつける（欠点は途中で匂い・味が消えるなど）
などでしょうか。
多少滑稽なアイデアでも、道具などを使わず手軽に調べられ、視界の邪魔に
ならず、目に悪影響を与えない発想が出来れば正解とみなしましょう。
実際結構やっかいな問題だけに、これはという発想が望まれます。